Rugāju novada muzeju kā atsevišķu struktūrvienību, novada iestādi, dibināja 1999. gada 5. jūnijā. Rugāju novada vidusskolas skolotājs Leopolds Upītis bija apzinājis un savācis samērā plašu novadpētniecības materiālu par Rugājiem un tas varēja kļūt par labu startu pagasta muzejam.