Par krustnagliņu dzimteni tiek uzskatītas Indonēzijas salas, kur šis garšaugs ticis turēts par svētu. Smaržīgajām nagliņām ir gana sena vēsture – ap 600. gadu nevienam neienāca prātā tās likt pie ēdiena, jo krustnagliņas tika uzskatītas par vienu no spēcīgākajām narkotikām.