Līdz šim Valmieras pilsētas administratīvajā teritorijā dabas skaitītāji ir kartējuši saldūdeņus, atklājot divu veidu Eiropas Savienības nozīmes aizsargājamos biotopus – Gaujā konstatēts upju straujteču un dabisku upju posmu biotops, kā arī Gaujas vecupēs – eitrofu ezeru ar iegrimušo ūdensaugu un peldaugu klāju biotops.