Lai gan mikrouzņēmumu nodokļa viens no galvenajiem ieviešanas mērķiem bija atvieglot mazajiem uzņēmējiem nodokļu aprēķināšanu un samaksu, plānotās šī nodokļa režīma izmaiņas sarežģīs dzīvi ne tikai tiem, kuru sniegtais pakalpojums ietilps MUN aizliegtajās nozarēs, bet arī plašāka spektra uzņēmumiem, ja to darbība skars gan aizliegtās, gan MUN atļautās nozares.